Program Sekolah Amanah adalah satu usahasama dengan rakan kongsi swasta yang bertujuan untuk mewujudkan model transformasi sekolah yang boleh dijadikan contoh di seluruh negara sebagai wawasan jangka panjang yang strategik. YAB Perdana Menteri dan Timbalan Perdana Menteri Malaysia (TPM) telah meluluskan rangka kerja pengoperasian Program Sekolah Amanah, termasuklah autonomi pada 15 Disember 2009 semasa 3rd Education Delivery Task Force (DTF). Program ini telah dilancarkan pada 10 Disember 2010 oleh YAB TPM Malaysia.

Sekolah Amanah merupakan sekolah awam (sekolah kerajaan atau bantuan kerajaan) yang diurus secara usahasama antara pihak swasta (bakal penaja) yang berkelayakan dan pentadbir sekolah di bawah naungan KPM. Rakan kongsi swasta yang dipilih bagi merintis program ini adalah Yayasan AMIR, iaitu sebuah yayasan yang ditubuhkan oleh Khazanah Nasional Berhad (KNB), penaja bagi program ini. Mesyuarat Program Sekolah Amanah yang dipengerusikan oleh YAB TPM Malaysia pada 16 Ogos 2010 telah memutuskan bahawa Program Sekolah Amanah adalah rintis selama 2 tahun (2011 dan 2012) di bawah KNB.

KPM telah menandatangani Perjanjian Usahasama Sektor Awam-Swasta Bagi Pengoperasian Program Sekolah Amanah bersama Yayasan AMIR pada 3 Januari 2011. Tempoh masa perjanjian adalah selama 5 tahun.

Sehingga 2015, sebanyak 62 buah sekolah telah terpilih menyertai program ini. Ianya merangkumi sekolah rendah dan menengah daripada semua tahap prestasi dengan tujuan menghasilkan peningkatan secara mampan tanpa mengira titik permulaannya.

Pihak YA bersama pihak pengurusan sekolah bertanggungjawab melaksanakan urusan pengoperasian Sekolah Amanah berdasarkan autonomi-autonomi yang telah diberikan iaitu kurikulum, jadual waktu dan kalendar persekolahan, polisi berkaitan murid, perolehan, kewangan dan pengurusan sumber manusia.